Im Januar 2014 wurde Baake von Sigmar Gabriel als beamteter Staatssekretär für Energie ins Bundesministerium für Wirtschaft und Energie berufen. Rainer Baake, der ein grünes Parteibuch hat, gilt als einer der Vordenker der erneuerbaren Energien, insbesondere der Photovoltaik. Häufig wird er als „Manager der Energiewende“ bezeichnet.
Seit 35 Jahren arbeitet er führend im Umwelt- und Energiesektor, erst im Landkreis Marburg-Biedenkopf, dann im Land Hessen und danach im Bund. Im Oktober 2013 stellte Baake ein Konzept für eine Reform des Erneuerbare-Energien-Gesetzes vor, wo er unter anderem dafür plädierte, die kostengünstigere Stromerzeugung durch Windenergie an Land und Solarstrom gegenüber der teureren Variante der Offshore-Windkraft zu bevorzugen.
Am 5. März 2018 reichte Baake nun seinen Rücktritt als Staatssekretär ein. Nach eigenen Angaben könne er die Klimapolitik im neuen Koalitionsvertrag nicht mittragen. Wenige Tage zuvor hatte der sächsische Ministerpräsident Michael Kretschmer (CDU) die Ablösung Baakes gefordert.
Der künftig für die Energiepolitik zuständige Minister Peter Altmaier hätte Baake wahrscheinlich sowieso entlassen. Altmaier hat schon in den letzten Jahren gezeigt, dass er beim Ausbau der Erneuerbaren und beim Kohleausstieg auf die Bremse tritt. Für die Klimapolitik auf Bundesebene ist Baakes Abgang kein gutes Zeichen.
